El ocho de octubre de 1556, Carlos V se alojó en una casa de Agüera durante su viaje hacia Yuste.
El municipio de Merindad de Montija, al que pertenece la pequeña localidad de Agüera, se encuentra en un área eminentemente montañosa, de relevante valor natural. Presenta una notable arquitectura popular, destacando entre su arquitectura civil la Torre-Palacio de los Alvarado, que data del siglo XVI.